Bertrand Cuiller débute à huit ans le clavecin avec sa mère, Jocelyne Cuiller. Pendant ses études à Nantes, où il apprend également le cor avec Marcel Ollé, il commence à travailler avec Pierre Hantaï, auprès de qui il étudiera pendant de nombreuses années.
A dix-sept ans, il entre au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans la classe de Christophe Rousset, ainsi qu’au CNSM de Lyon dans la classe de cor de Michel Garcin-Marrou. Avec ce dernier, il étudiera aussi le cor naturel au CNSM de Paris. Il se perfectionne en cor auprès d’André Cazalet.
Il remporte en 1998 le troisième prix au concours international de clavecin de Bruges, puis sort du Conservatoire diplômé mention très bien à l’unanimité. Pendant plusieurs années, Bertrand Cuiller a joué au sein d’ensembles baroques français comme Les Arts Florissants, Le Concert Spirituel, Le Poème Harmonique et Stradivaria.
Il s’intéresse au répertoire contemporain et a créé des œuvres de Jean-Yves Bosseur et Olivier Mellano.
Aujourd’hui, Bertrand Cuiller se produit le plus souvent en soliste, mais apprécie également la musique de chambre, en particulier avec ses amis et partenaires de la Rêveuse et des Basses Réunies.
Ouvert à d’autres formes d’art, en association avec la musique - théâtre, littérature, Bertrand Cuiller a créé avec la comédienne Louise Moaty un spectacle alliant la musique de Jean Henry D’Anglebert et Les Lettres Portugaises de Guilleragues. Ensemble, ils créent un concert optique, La Lanterne magique de Monsieur Couperin, ainsi que Mille et une nuits, deux spectacles produits par le Théâtre de Cornouaille.
Ses disques pour les labels Alpha (Pescodd Time et Scarlatti-Soler) et Mirare (Concerti pour clavecin de Bach avec Stradivaria et M.Tomkins his Lessons of Worthe) ont été très chaleureusement accueillis par le public et la presse.
En 2012-2013, il dirigera Les Musiciens du Paradis dans l’opéra Venus and Adonis de John Blow mis en scène par Louise Moaty.